داستان فیلم پدر خوانده درباره یکی از سران قدرتمند و پر نفوذ مافیا به نام «دون ویتو کورلئونه» است که همه او را به نام «پدر خوانده» می‌شناسند. پس از مرگ پدر خوانده، پسر کوچک او به نام «مایکل» زمامدار امور می‌شود. مایکل با انجام امور غیرقانونی و خلاف به شدت مخالف است، اما پس از عهده‌دار شدن مسئولیت‌های پدر خوانده با چالش‌های بسیاری مواجه می‌شود.