پس از استقرار در گرین هیلز، سونیک برای آزادی بیشتر آماده است و تام و مدی موافقت می کنند که او را در حالی که به تعطیلات می روند تنها بگذارند. امازمانی که دکتر روباتنیک برمی گردد آن ها به سفر نمی‌روند. دکتر روباتیک این بار با یک شریک جدید، به نام ناکلز، در جستجوی زمردی است که هم قدرت ساختن و هم از بین بردن تمدن ها را دارد. سونیک با دستیار خود، تیلز، متحد می شود و با هم سفری را آغاز می کنند تا زمرد را قبل از اینکه به دست افراد اشتباه بیفتد، پیدا کنند.