داستان سریال دانشمند شبگرد درباره دختری است که پس از مجرم شناخته شدن و دستگیر شدن پدرش همه چیزش را از دست می دهد. از آن پس او با لباس مبدل مردانه شروع به فروش کتاب می کند. در یکی از روزها او با دانشمندی مرموز و خوش قیافه مواجه می شود که خون آشام است. علاوه بر این دانشمند خون آشام، خون آشام دیگری هم در قصر حضور دارد که در پهنه ی سیاست بازیگری قابل است و برای اینکه ولیعهد به تاج و تخت نرسد از هیچ تلاشی دریغ نمی کند.