پس از مرگ دلخراش مادرش در جریان بمباران‌های جنگ، پسر جوانی به نام ماهیتو به همراه پدرش مجبور به ترک خانه و نقل مکان به املاک وسیع خانوادگی در حومه آرام شهر می‌شود. پدرش با ناتسوکو، خواهر کوچکتر همسر مرحومش، ازدواج کرده و ناتسوکو اکنون باردار است. ماهیتو که با غم از دست دادن مادرش دست و پنجه نرم می‌کند و نسبت به نامادری جدید و باردارش احساس بیگانگی و ناراحتی دارد، با یک مرغ ماهی‌خوار خاکستری مرموز و سخنگو روبرو می‌شود. این پرنده عجیب او را به سمت یک برج باستانی، بلند و متروکه که در نزدیکی ملک قرار دارد، راهنمایی می‌کند. هنگامی که نامادری جدیدش، ناتسوکو، به طور ناگهانی ناپدید می‌شود، ماهیتو به دنبال مرغ ماهی‌خوار وارد برج شده و قدم به دنیایی خارق‌العاده، جادویی و موازی می‌گذارد که به نظر می‌رسد میان زندگان و مردگان مشترک است.